El parque se encuentra situado al noreste de la República Dominicana, enmarcado en la Bahía de Samaná, de la cual forma parte. Su límite y, por lo tanto, su superficie, de 3,600 km. En gran parte el parque se encuentra ubicado en el municipio de Sabana de la Mar, provincia Hato Mayor, y se completa en las provincias de Monte Plata y Samaná. Haitises significa tierra alta o tierra de montañas, aunque el conjunto de colinas o "mogotes" tiene alturas que oscilan entre 30 y 40 metros. Desde el punto de vista hidrográfico, Los Haitises y sus áreas de influencia comprenden dos regiones: la cuenca baja del río Yuna y la zona de Miches y Sabana de la Mar. El Yuna desagua por dos embocaduras: la del propio Yuna y la del río Barracote. Además, en el área se encuentran los ríos Payabo, Los Cocos y Naranjo, y los caños Cabirma, Estero, Prieto y otros. La riqueza en fauna del Parque Nacional Los Haitises queda reflejada entre los mamíferos por la presencia del manatí (Trichechus manatus) en los cayos de manglar, la jutía y en el bosque el solenodonte que es un pequeño mamífero insectívoro endémico de la isla, y que junto con la jutia son especies que están amenazadas de extinción. En las cuevas tenemos diferentes especies de murciélagos. El Parque Nacional Los Haitises contiene elementos paisajísticos muy impresionantes como son la Bahía de San Lorenzo, los diferentes cayos y las poblaciones de mangles.